En octobre 1526, la Jurade de Bordeaux (nom du Conseil Municipal sous l’Ancien Régime) acquiert le domaine de Veyrines. Le Maire et les jurats de Bordeaux deviennent ainsi barons et seigneurs de Veyrines (avec tous les droits de justice que cela implique). La ville de Bordeaux s’offre ainsi la majeure partie des terres de Meyrignac (notez la nouvelle orthographe) pour 9.500 écus d’or.
En 1567, le blason de Bordeaux est apposé au sommet du portail de l’église Saint-Vincent pour affirmer l’autorité de la ville (vous pouvez toujours le voir sur la façade actuelle). L’autre grande famille mérignacaise, la Maison Noble d’Espagne, est autorisée à y graver également son blason à condition qu’il soit placé en-dessous de celui de Bordeaux (ce second blason sera dégradé durant la Révolution).
Durant la 2ème moitié du 16ème siècle, la Maison Noble du Parc (liée à la sœur de Montaigne, épouse du Conseiller Lestonnac) remplace la Maison Noble d’Espagne.
Il est difficile de savoir quelle était la population de Meyrignac au début du 17ème siècle en se référant aux registres paroissiaux (qui existent depuis 1620). Une estimation raisonnable pourrait donner un peu moins d’un millier d’habitants entre le bourg, les hameaux, de modestes bordas et les domaines.
La vie dans les hameaux tels que Beutre est communautaire : quelques maisons en bois et en torchis groupées autour d’un puits, se partagent un four à pain, des chais, une porcherie et une bergerie. Les habitants tirent leurs ressources de leurs jardins, des brebis, du troupeau commun… et du braconnage ! C’est une période difficile pour les paysans : de grands froids gèlent les vignes en 1624, le blé manque en 1630, puis vient la révolte de 1631 suite à la pression de plus en plus importante de la gabelle, enfin un nouvel impôt sur les cabaretiers déclenchent des émeutes et barricades en 1635.
Durant la Fronde (1649), la paroisse de Meyrignac est saccagée par les troupes du duc d’Epernon. Les hameaux sont pillés et leurs habitants tués.
Au début du 18ème siècle, le toponyme « Mérignac » apparaît sous sa forme actuelle. Grâce à la prospérité économique liée au commerce maritime, la grande bourgeoisie bordelaise (négociants, armateurs, financiers, parlementaires…) acquiert de vastes domaines sur le territoire de Mérignac. Les magistrats accordent une grande importance à leurs splendides demeures de campagne au milieu des vignes et dépensent des sommes considérables pour leur construction, avec notamment des façades décorées par des architectes renommés tels Victor Louis. Marques de prestige, ces maisons bourgeoises sont désignées sous le nom de « folies ».
En 1755, la population de Mérignac est comptabilisée à 1.675 habitants par le curé.
En 1758, Louis XV autorise par lettres patentes la Jurade de Bordeaux à devenir propriétaire de la Maison Noble du Parc.
A la fin du 18ème siècle, le vignoble se développe, au grand dam des meuniers dont les moulins sur la Devèze ne tournent plus. On recherche désormais la qualité du vin et plus seulement la quantité. C’est durant cette période qu’apparaît le classement des Graves.
En 1789, c’est Paul Nayrac qui annonce à Bordeaux le début de la Révolution. Mérignac reprend son indépendance sur la Jurade de Bordeaux. En février 1790, Mérignac devient une commune rattachée au District de Bordeaux, dans le Canton de Pessac. Mérignac compte alors 2.511 habitants, soit 2 fois plus que Pessac.